L'associazione venne fondata nel 1910 e la presidenza onoraria venne conferita a Pasquale Villari, ma l'iniziativa fu di Leopoldo Franchetti, coadiuvato da Giustino Fortunato. Dopo la morte di Villari, Fortunato subentrò nell'incarico di presidente onorario e mantenne la nomina fino alla sua morte. Il riconoscimento come Ente morale è dell'anno successivo alla fondazione e riuscì a coinvolgere tutti i maggiori esponenti di quella scuola di pensiero che ha prestato grande attenzione alla questione meridionale:

Tra gli indubbi meriti dell'associazione il suo impegno nella lotta all'analfabetismo, che portò alla fondazione di 1.500 scuole per bambini ed adulti analfabeti.

Con il secondo dopoguerra le iniziative scolastico-culturali sono state abbandonate e l'Associazione continua solamente sul filone culturale, le cui attività sono dirette da Guido Pescosolido.

L'ANIMI pubblica la rivista Archivio storico per la Calabria e la Lucania fondata nel 1931.

Fa parte dell'ANIMI la Società Magna Grecia, fondata nel 1920 da Umberto Zanotti Bianco e Paolo Orsi, a cui fa capo il periodico «Atti e Memorie della Società Magna Grecia», giunto alla terza serie.